Núcleo da FMRP abriga estrutura de sequenciamento genômico

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Rosemeire Soares Talamone / via Agência USP de Notícias

O Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB) do Hemocentro de Ribeirão Preto inaugurou os serviços do Núcleo de Análise Genômica, que atenderá pesquisadores de todo o país. O Núcleo, segundo o professor Wilson Araújo da Silva Junior, do Departamento de Genética da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP)  da USP e responsável pelo LGMB, possui infraestrutura completa para sequenciar genomas e transcriptomas e, com isso, produzir vastos conjuntos de dados sobre a estrutura e função de genomas. A inauguração aconteceu no último dia 22.

Com os equipamentos disponíveis, diz Silva Junior, o grupo também está preparado para o desenvolvimento de pesquisas médicas personalizadas, visando à análise completa do genoma de um paciente. São capazes de sequenciar genomas e transcriptomas em questão de semanas, pois o processamento desses dados, que requer forte demanda computacional, será garantido pelos clusters do EMU-BioInfo, da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp), e  do Instituto de Bioinformática e Biotecnologia (2Bio).

A medicina personalizada já é uma realidade nos países de primeiro mundo e pode ser capaz, por exemplo, de explicar o porquê de um paciente responder a um tratamento de determinada doença e outro, não. No Hemocentro de Ribeirão Preto, os equipamentos serão utilizados, por enquanto, somente para pesquisas nessa área.

Infraestrutura

São dois conjuntos, chamados de clusters, um com 18 computadores e 272 núcleos de processamento que estava sob responsabilidade do Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer e foi adquirido com recursos da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp), no projeto de Equipamentos Multiusuários. O outro, composto por 37 computadores que, somados, contam com 206 núcleos de processamento. Este último é de propriedade do Instituto de Bioinformática e Biotecnologia (2bio), uma associação sem fins lucrativos cujos principais objetivos são o desenvolvimento de projetos de pesquisa, a formação de estudantes e profissionais na área de Bioinformática e Biotecnologia e o desenvolvimento de parcerias junto ao setor produtivo.

Além disso, o Hemocentro de Ribeirão Preto adquiriu uma plataforma de sequenciamento de última geração, conhecido como Next Generation Sequencing. Mais precisamente, o equipamento Genome Analyzer IIx da empresa Ilumina. Para o professor Silva Junior, o diferencial do LGBM é ter no mesmo local uma infraestrutura para produção e processamento dos dados de genomas completo, fato esse que ajudará sobremaneira a formação de estudantes no processamento e interpretação de dados genômicos. “Esta parceria consolida a FMRP como um dos principais centros para a análise genômica no Brasil”, comemora.

Além do professor Silva Junior, que coordena os trabalhos, o Núcleo de Análise Genômica conta com dois pesquisadores e um técnico de nível superior contratados e cinco estagiários, estudantes do curso de Informática Biomédica, que é coordenado pela FMRP,  Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP) da USP e Faculdade Barão de Mauá de Ribeirão Preto.

Entre os contratados, está o pesquisador Jorge Estefano Santana de Souza, formado em Ciência da computação e com doutorado em Bioinformática pelo Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática da USP. Ele é pesquisador principal da 2bio que se transferiu para o Hemocentro de Ribeirão Preto numa parceria firmada entre as duas instituições. “Assumo um grande desafio que é a de gerir projetos de pesquisa, formação de estudantes e o gerenciamento de todo esse parque de equipamentos. Sinto-me orgulhoso por contribuir para a pesquisa brasileira e por estar atuando em centros de excelência como o Hemocentro, a FMRP  e o 2bio”, finaliza o pesquisador.

Mais informações: (16) 2101-9300; email wilsonjr@usp.br, com o professor Wilson Araújo da Silva Junior 

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