A política de inovação tecnológica da USP é gerida pela Agência USP de Inovação, de modo a promover a utilização, pela sociedade, do conhecimento científico, tecnológico e cultural produzido na Universidade. Está presente na capital, Bauru, Lorena, Piracicaba, Pirassununga, Ribeirão Preto e São Carlos.

A Agência atua na proteção do patrimônio industrial e intelectual gerado na Universidade, efetuando todos os procedimentos necessários para o registro de patentes, marcas, direitos autorais de livros, softwares, músicas, entre outras criações. Oferece apoio aos docentes, alunos e funcionários na elaboração de projetos em parceria para melhor gerenciar as relações com os setores empresariais, bem como, comunicar para a sociedade em geral o impacto e os benefícios das inovações guiadas pela ciência desenvolvida pelos pesquisadores da USP.

Por meio de incubadoras de empresas, de parques tecnológicos e de treinamentos específicos, promove o empreendedorismo, oferecendo suporte técnico, gerencial e formação complementar ao empreendedor. Trabalha também na transferência de tecnologias, preocupando-se em colocá-las à disposição da sociedade.